Весь мир лежит в руинах. Человечество уничтожено практически полностью. Из-за высокого уровня радиации полуразрушенные города стали непригодны для жизни. За их пределами, по слухам, начинаются бесконечные выжженные пустыни и дебри мутировавших лесов. Выжившие еще помнят о былом величии человека. Но остатки цивилизации постепенно становятся лишь воспоминаниями, обрастают небылицами и превращаются в легенды.

Завязка сюжета остается стандартной, что не снижает качество новой игры: на заброшенной планете BG-386 организована колония людей. Горные недра разрабатываются шахтерами в поисках полезных минералов. Внезапно на глубине нескольких километров была найдена громадная пирамида в стиле давно ушедшей цивилизации Майя, внутри которой притаилась страшная смерть: коконы ксеноморфов.